Yugi, Jaden e Yusei se unem quando o misterioso Paradox viaja no tempo para apagar os duelos de monstros de duelo da história. Determinados a proteger o legado que amam, eles enfrentam ameaças em diferentes eras e realidades. Juntos, precisam superar suas diferenças, confiar em seus parceiros de duelo e impedir que o futuro seja destruído. Enquanto o tempo se distorce ao redor deles, o vínculo entre duelistas de gerações distintas se torna a chave para salvar o mundo e preservar o espírito dos duelos.