Em 1923, Edward Elric vive em uma versão alternativa da Alemanha, separado de seu mundo original e sem seus poderes alquímicos. Enquanto tenta voltar para casa, ele descobre uma sociedade secreta obcecada com a mítica Shamballa, que acredita ser o mundo de Ed. Alphonse, em Amestris, busca reencontrar o irmão. As duas realidades caminham para um choque perigoso envolvendo ciência, ocultismo e guerra.