O filme começa com Fuyuki Hinata e a turma do Keroro dando uma geral num templo abandonado lá no alto de Machu Picchu, no Peru. Enquanto tavam nessa de explorar, o Keroro sem querer aciona uma armadilha e, por um golpe de sorte, eles topam com uma câmara escondida que tem um cristal azulão enorme bem no meio, em cima de um pedestal com uma chave. O Keroro se apoia na chave, e pah! A sala começa a ativar uma máquina misteriosa, fazendo o templo inteiro tremer. Quando a galera saca o que tá rolando, metem o pé da sala. Na correria, o Keroro dá uma vacilada e perde a sua Kero Ball, enquanto o Fuyuki dá de cara com uma moça brilhante num vislumbre rápido enquanto vaza dali, e fala pro Keroro que tinha uma mina na sala, mas é arrastado pra fora antes de poder falar mais nada. A turma consegue escapar na boa, enquanto a moça (agora com um par de asas brilhantes) fica de olho neles indo embora - e, de volta na câmara, algo começa a crescer dentro do cristal...