"Black★Rock Shooter" gira em torno de duas jovens, Mato Kuroi e Yomi Takanashi, que se tornam amigas no primeiro dia de aula. Enquanto elas lidam com os desafios e emoções do cotidiano escolar, uma dimensão paralela revela suas outras identidades: Black★Rock Shooter e Dead Master. Neste mundo alternativo, elas se enfrentam em batalhas intensas, refletindo os conflitos emocionais que vivenciam no mundo real. À medida que suas vidas se entrelaçam, os mistérios por trás dessas lutas e a conexão entre suas identidades alternativas e suas vidas reais começam a se desvendar.