Madoka desapareceu após um misterioso milagre, deixando Homura em uma nova realidade onde as garotas mágicas vivem em aparente harmonia. Desconfiada desse mundo perfeito, Homura investiga a origem das distorções e enfrenta bruxas e novas inimigas. Conforme a verdade sobre o sistema das garotas mágicas é revelada, amor, sacrifício e desespero se entrelaçam. Homura toma uma decisão radical que desafia o próprio conceito de esperança e reescreve o destino de todas.