Após o encerramento do caso "Laughing Man", a Seção 9 é restabelecida pelo primeiro-ministro eleito do Japão, Youko Kayabuki, para combater a persistente ameaça do ciberterrorismo.

Um grupo que se chama "The Individual Eleven" começou a cometer atos de terror em todo o Japão. Enquanto Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou e os outros membros da Seção 9 investigam essa nova ameaça, o governo japonês enfrenta uma crise separada, uma vez que os refugiados estrangeiros deslocados pela Terceira Guerra Mundial procuram asilo no Japão. Mas, como os membros da equipe de operações especiais continuamente se encontram com Gouda Kazundo – um membro importante do Serviço de Inteligência do Gabinete – em sua caçada, eles começam a suspeitar que ele pode estar envolvido, e que os eventos da crise de refugiados e The Individual Eleven podem estar mais conectados do que eles percebem …

[Escrito por MAL Rewrite]

(Auto Tradução / Temporário)