Sete crianças estão num acampamento de verão quando, inesperadamente, uns estranhos aparelhos caem do céu – os digivices (digital devices ou dispositivos digitais) e elas são transportadas para o Mundo Digital (Digimundo), mais propriamente para uma ilha conhecida como Ilha Arquivo. Cada uma das crianças conhece um digimon que se torna seu companheiro. Para tentarem regressar a casa, as crianças percebem que existem digimons bons e digimons maus. Eles iniciam uma luta contra os inimigos que pretendem dominar o Digimundo com a força das trevas, contando com a ajuda dos seus digimons que, com o passar do tempo, se tornam mais poderosos e conseguem se converter em criaturas maiores e mais fortes.

Mais tarde eles conhecem Gennai, um velho digi-humano que se torna seu mentor. Gennai informa-os que eles são as lendárias Crianças Escolhidas, e que estão ali para salvar o Digimundo e o Mundo Humano do poder das trevas. As crianças atravessam o oceano em direção a um novo continente, onde enfrentarão ameaças ainda mais perigosas.

Cada um dos digiescolhidos recebe um brasão. Cada brasão é o espelho da maior virtude de cada uma das crianças – Coragem (Tai), Amizade (Matt), Amor (Sora), Esperança (T.K.), Confiança (Joe), Sabedoria (Izzy), Luz (Kari) e Sinceridade (Mimi). Para que um brasão brilhe e ative o seu poder, é necessário que o seu portador exiba a característica que ele representa. Desta forma, possibilita aos digimons atingirem o nível Perfeito. Alguns dos escolhidos são confrontados com dúvidas por não se acharem merecedores do seus brasões, mas com o passar do tempo e com a ajuda dos digimons, todos eles provam ser dignos deles.

Ao enfrentarem inimigos cada vez mais poderosos, eles descobrem que não conseguirão cumprir a missão sem a Oitava Criança Escolhida. Todos juntos viajam para o Mundo Real, onde travam uma luta contra o tempo tentando encontrá-la antes do terrível Myotismon, que aterroriza Odaiba inteira com o objetivo de a matar. A Oitava Criança revela-se ser Kari e muitas coisas passam a acontecer por volta disso. Porém, há um grande desequilíbrio entre os dois Mundos e eles são obrigados a regressar ao Mundo Digital para travarem as batalhas de suas vidas e das vidas inocentes.

Quando voltam ao Digimundo, lá eles enxergam que tudo estava completamente diferente e dominado pelas forças das trevas, uma vez que uma hora no Mundo Humano pode significar bastante tempo no Digimundo. Com a ausência das crianças ou de pelo menos seus digimons por lá, o Digimundo ficou vulnerável, já que os verdadeiros inimigos ficaram livres para tomar proveito. As crianças finalmente conhecem o verdadeiro desespero e também a verdadeira ameaça